西安scRNA空间转录组服务机构

在转录组学领域，空间转录组也开辟了新世界。Nature Methods在今年1月份将空间转录组学评价为2020年度方法，空间转录组方法近几年越来越受到欢迎，它将带领组学在生物学的研究上进入新的阶段。从转录组测序到实现单细胞转录测序，这一过程为精确认识不同细胞类型提供了巨大的帮助。现在，新的空间转录组方法不仅带来转录组信息，同时还提供空间信息，帮研究者更好辨别转录的位置，进一步扩展到单细胞分辨率，这会更大程度提升科学家对单个细胞的认识和解读。个性化制定测序项目方面，满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。西安scRNA空间转录组服务机构

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验，已助力Nature，immunity等在内的300+篇CNS文章发表。宁波高通量测序空间转录组平台空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域的信号通路。

空间转录组测序的关键就在于，解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后，会被进行透化处理，释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域，每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来，然后再进行测序后，通过条形码将不同区域的测序结果，映射到对应的组织位置上，拼贴形成组织样品的空间转录组图像。

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深入解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！烈冰生物为您提供一站式全流程空间转录组测序服务。

为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly（dA）序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针（RTL）与mRNA杂交。左侧探针（LHS）具有部分Read 2序列，右侧探针（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。组织透化后，被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕获，并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上，UMI用于基因表达定量。从样本处理到终端数据分析，只要您需要，烈冰提供全流程的无忧服务。青岛scRNA空间转录组服务机构

空间转录组测序数据分析，认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。西安scRNA空间转录组服务机构

10xGenomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcodedspots），每个点的直径为55μm，点和点之间中心的距离为100μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。西安scRNA空间转录组服务机构

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